~ Đại Nhật Bản là một đất nước xinh đẹp.Tuy nhiên, nhưng chính vẻ đẹp lại có thể mang đến tai họa
~ Năm Bunei thứ 11, tức năm 1367 (thời Bunei có từ 1356-1406), vì ghen ghét với Đại Nhật Bản nên các đại cường quốc khác đã lăm le xâm chiếm vô số lần.
~ Năm Kaei thứ 6, tức năm 1854 (thời Kaiei có từ 1848 – 1854) , các đội quân xâm lược đang tiến đến gần…
~ Năm Shouwa thứ 20, tức năm 1946 (thời Shouwa có từ 1926 – 1989), Đại Nhật Bản lâm vào thế kìm kẹp…
~ Nhưng không cần phải lo.Không cần phải e sợ.Vì Đại Nhật Bản đã có những vị thần hộ mệnh.
~ Bách Hoa Liễu Loạn, đây là câu chuyện kể về tinh thần võ sĩ đạo bất khuất.

Bối cảnh trong anime diễn ra vào năm Heisei 22-tức năm 2010 ( Năm Heisei tính từ 1989 cho đến nay), thời điểm mà nước Đại Nhật Bản thuộc sự cai trị của Mạc Phủ Tokugawa .Dù sống trong thế giới văn minh hiện đại nhưng Đại Nhật Bản vẫn phát triển và giữ vững các văn hóa truyền thống của samurai .

Câu chuyện diễn ra tại học viện tư thục Buou -một học viện lớn án ngự dưới chân núi Phú Sỹ linh thiêng do gia tộc Tokugawa lập nên. Học viên của trường đều là con cháu-họ hàng của các gia tộc samurai và được đào tạo -huấn luyện các kỹ năng chiến đấu và tư tưởng Mạc Phủ để phục vụ cho Đại Nhật Bản sau khi tốt nghiệp .
Cùng thời điểm này xảy ra sự giao tranh giữa gia tộc Tokugawa với gia tộc Toyotomi . Tokugawa Yoshihiko-hội trưởng hội học sinh Buou và là trưởng nam gia tộc Tokugawa đã bắt đầu cuộc chiến săn lùng những người có dính dáng đến gia tộc Toyotomi.
Yagyuu Muneakira là một thiếu niên samurai của gia tộc Yagyuu-một gia tộc nổi tiếng và thường huấn luyến kiếm thuật cho các gia tộc Shogun. Cậu gia nhập học viện Buou theo lời mời của cô bạn thuở nhỏ Tokugawa Sen (Sen Hime-Công chúa Sen) và vô tình vướng vào cuộc chiến giữa 2 gia tộc Tokugawa và Toyotomi.
Khi cố gắng giúp Yukimura và Matabei của gia tộc Toyotomi tẩu thoát khỏi sự truy đuổi của Hattori Hanzou nhà Tokugawa thì Muneakira đã có cuộc gặp gỡ định mệnh với một thiếu nữ từ trên trời rơi xuống tên là Yagyuu Jubei .

Cả hai đã trao nhau nụ hôn đầu đời và câu chuyện của Hyakka Ryouran: Samurai Girls bắt đầu từ đây.
Điều gì sẽ xảy ra khi Muneakira hôn những người con gái khác? :” >